Собор построен на месте монастыря святого Иоанна Пипписа. Обитель была посвящена любимому ученику Господа – Иоанну Богослову. Согласно исследователям прозвище Пиппис монастырь получил из-за сирийского происхождения ктиторов обители. По-арабски хаббиб означает любимый, эпитет прилагаемый Иоанну Богослову – возлюбленный ученик Иисуса Христа. Начиная с IX века на Кипр, согласно свидетельству Феофана Исповедника, хлынула волна христианских беженцев из Сирии, которая продолжилась и во время крестовых походов.

Первое историческое свидетельство о монастыре в честь Иоанна Пиписа приводится в рукописи № 374, хранящейся в Иверском монастыре на Афоне. На полях расположена надпись «книга сия писана 13 Сентября лета ΣΤΩΝΔ 6854 от сотворения мира попечением Власия иеромонаха обители Иоанна Пипписа. Писана мною Агафоном иеромонахом. Засим Богу слава. Аминь». То есть в 1345 году монастырь уже существовал.

В 1421 году в монастыре остановился русский паломник, монах Троице-Сергиевой Лавры иеродиакон Зосима, оставивший книгу «Хождение инока Зосимы». Зосима оставался в монастыре полтора месяца и почему-то называет монастырь «Виния».

Время венецианского правления на Кипре было расцветом монастыря. Годовой доход обители составлял 400 дукатов. К концу 16 века (1592 - 1602) настоятелем монастыря был известный кипрский интеллектуал Леонтий Евстратиос, основавший в стенах обители Греческую школу.

Обитель существовала ещё в XVII веке, однако её позднейшая судьба остаётся неизвестной. В 1662 году Архиепископ Кипрский Никифор (1641-1674) заложил фундамент будущего кафедрального собора Кипрской Церкви, который был завершен в 1773 году. Для того чтобы увеличить площадь храма в 1779 по инициативе Архиепископа Хрисанфа к нему был пристоен притвор.

Храм расписан кипрскими иконописцами в традиционном византийском стиле. Фрески передают сюжеты библейской и евангельской истории. Достойным внимания может быть значительная часть южной стены, которая посвящена сцене Второго пришествия и Страшного суда.